اندازه‌گیری و کاهش شکاف مالیاتی از وظایف کلیدی سازمان‌های مالیاتی است؛ با این وجود یکی از اصلی‌ترین چالش‌های نظام مالیاتی ایران اندازه‌گیری این شاخص است. با وجود اینکه اندازه دقیقی از میزان شکاف مالیاتی ایران وجود ندارد اما نشانه‌های مختلف از بالا بودن این شاخص حکایت دارد به طور مثال حداقل شکاف مالیاتی بر اساس محاسبه پژوهشکده مالیاتی در بخش مشاغل پزشکی بالغ بر ۸۰ درصد است و این وضعیت در سایر بخش‌های نظیر وکلا و طلافروشان نیز محسوس است.
گزارش پژوهشکده مالیاتی کشور بیانگر آن است که مجموع فرار و اجتناب مالیاتی در حدفاصل سال‌های ۱۳۹۲ تا ۱۳۹۸، رشد ۳۰ هزار میلیاردتومانی داشته است. نکته جالب‌توجه این بوده که در سال ۱۳۹۲ حدود ۱۳ درصد از کل شکاف مالیاتی مربوط به بخش غیررسمی و ۸۷ درصد نیز مربوط به عدم تمکین مالیاتی بوده، درحالی‌که این نسبت در سال ۱۳۹۸ به ترتیب به حدود ۴۰ و ۶۰ درصد تغییریافته است.
در طی این مدت نسبت شکاف مالیاتی به تولید ناخالص داخلی از ۶.۹ درصد به ۴.۱ درصد کاهش‌یافته که می‌توان گفت عامل اصلی در افت این شاخص به انجام اصلاحات مالیاتی مربوط بوده است.
به طور نمونه، اخیراً داود منظور، رئیس سازمان امور مالیاتی از شناسایی ۱۵۰ فعال اقتصادی خبر داده است که مبلغ واریزی به دستگاه کارتخوان آنها بیش از ۱۰۰ میلیارد تومان بوده است اما از ارائه اظهارنامه مالیاتی خودداری کرده‌اند.
تحقیقات نشان می‌دهد که «ایجاد پایگاه اطلاعات مؤدیان» و «الکترونیکی شدن اغلب فرآیندهای مالیاتی» در بهبود تمکین مؤدیان مالیاتی و در نتیجه کاهش شکاف مالیاتی نقش ویژه‌ای دارد که طبق اظهارات مسئولان سازمان مالیاتی قرار است این اهداف با راه‌اندازی سامانه مؤدیان محقق شود.