بر اساس ماده ۱۳ قانون چگونگی اداره مناطق آزاد تجاری- صنعتی جمهوری اسلامی ایران: « اشخاص حقیقی و حقوقی که در منطقه به انواع فعالیتهای اقتصادی اشتغال دارند، نسبت به هر نوع فعالیت اقتصادی در منطقه آزاد از تاریخ بهره برداری مندرج در مجوز به مدت بیست سال از پرداخت مالیات بر درآمد و دارایی موضوع قانون مالیاتهای مستقیم معاف خواهند بود…» نظر به اینکه معافیت مقرر در این ماده ناظر بر کسانی است که متصدی انجام فعالیتهای اقتصادی در مناطق آزاد تجاری- صنعتی هستند و منصرف از حقوق بگیرانی است که تحت نظر صاحبان مشاغل و فعالان اقتصادی به انجام اموری اشتغال دارند، لذا مقررات مورد شکایت شامل مکاتبه شماره 25607؍232؍ص-20؍12؍1391 مدیرکل تشخیص و حسابرسی سازمان امور مالیاتی کشور و مکاتبه شماره 7258؍230؍د-22؍3؍1392 معاون درآمدهای مالیاتی سازمان امور مالیاتی کشور که بر اساس آنها حکم به تسری معافیت مالیات مقرر در ماده 13 قانون چگونگی اداره مناطق آزاد تجاری- صنعتی جمهوری اسلامی ایران به درآمد حقوق کارکنان واحدهای مستقر در مناطق آزاد تجاری- صنعتی صادر شده، مغایر با مقررات ماده ۱۳ قانون چگونگی اداره مناطق آزاد تجاری- صنعتی جمهوری اسلامی ایران است و ابطال می شود. با اعمال ماده ۱۳ قانون تشکیلات و آیین دادرسی دیوان عدالت اداری مصوب سال ۱۳۹۲ و ابطال مقررات مورد شکایت از زمان صدور و تصویب آنها موافقت نشد.