اول – کیفیت پایین تشخیص مالیاتی: ضعف شدید سازمان امور مالیاتی در زمینه اشراف اطلاعاتی بر فعالیت اقتصادی مؤدیان باعث شده که در ایران برخلاف بسیاری از کشورها، بخش عمده فرآیند تشخیص درآمد مشمول مالیات بصورت على الراس صورت پذیرد که این امر زمینه ساز بروز اختلافات میان مؤدی و سازمان می‌باشد.
🔸 دوم – ناآگاهی مودیان نسبت به قوانین و مقررات مالیاتی: اطلاع رسانی نامناسب و پیچیدگی قوانین و مقررات مالیاتی از علل عمده ناآگاهی مودیان نسبت به حقوق و تکالیف خود و سازمان مالیاتی می‌باشد که این امر نیز به نوبه خود زمینه ساز بروز اختلافات میان مؤدی و سازمان مالیاتی است. پیچیدگی قوانین و مقررات به عوامل متعددی نظیر پایه‌های مالیاتی، ساختار نرخ‌های مالیاتی، کسور قانونی، معافیت‌ها و مشوق‌های مالیاتی، جرائم مالیاتی و بطور کلی به مؤلفه‌های ساختاری قانون مالیات و نیز به ویژگی‌های اداری مالیات ستانی بستگی دارد.
🔸 سوم – حجم بالای ابلاغ قانونی: بر اساس مفاد تبصره ماده (۲۳۹) قانون مالیات‌های مستقیم چنانچه برگه‌های تشخیص مالیاتی به صورت قانونی ابلاغ شود (ابلاغ طبق مقررات تبصره ماده ۲۰۳ و ماده ۲۰۸ این قانون) بدین مفهوم که مؤدی یا مستخدمین وی و یا وابستگان و در محل اقامت قانونی حضور نداشته و یا از دریافت برگ تشخیص استنکاف نماید و نیز ابلاغ از طریق انتشار آگهی در روزنامه‌های کثیرالانتشار صورت پذیرد، پرونده امر باید به هیات حل اختلاف مالیاتی ارسال شود.