فرایند کلی ثبت معاملات و محاسبه مالیات بر ارزش افزوده در سامانه مؤدیان به صورت زیر است:

صورتحساب الکترونیکی، توسط فروشنده از طریق سامانه مودیان صادر می­شود. در مورد مؤدیانی که مستقیما با مصرف کننده نهائی ارتباط دارند، عملیات ثبت فروش و صدور صورتحساب الکترونیکی، توسط پایانه فروشگاهی انجام می­شود.

🔺ب – در صورتی که خریدار، مصرف کننده نهائی نبوده و خود عضوسامانه مؤدیان باشد، صورتحساب الکترونیکی صادر شده توسط فروشنده، به صورت خودکار به کارپوشه وی در سامانه مؤدیان منتقل می­شود و به عنوان اعتبار مالیاتی برای او منظور می شود.

🔸تبصره – مؤدیان مالیاتی مکلفند ظرف مدت سی روز از تاریخ درج صورتحساب الکترونیکی در کارپوشه مؤدیان نسبت به اعلام پذیرش یا عدم پذیرش این صورتحساب­ها اقدام کنند. عدم اظهارنظر ظرف مدت مذکور به منزله تأیید صورتحساب مربوط می­باشد.